Seit 1985 kennt Wil die dreistufige Gemeindeorganisation mit Bürgerschaft, Stadtparlament und Stadtrat. Auf Beginn der Legislaturperiode 2005-2008 wurde im Rahmen einer umfassenden Behörden- und Verwaltungsreform der Stadtrat von sieben auf fünf Mitglieder reduziert. Die Aufgaben des Stadtrates als Exekutivbehörde sind in fünf Departemente aufgeteilt. Das Stadtparlament zählt 40 Mitglieder. Mit der Ablösung der Bürgerversammlung wurde gleichzeitig die Schulgemeinde in die Politische Gemeinde inkorporiert. Die Bürgerschaft wählt alle vier Jahre die Mitglieder des Parlaments, des Stadt- und Schulrates.

Die Reform der Verwaltung wird als dauernder Optimierungsprozess verstanden. Im Zentrum unseres Engagements steht die Kundenorientierung. Die Departemente Bildung und Sport sowie Soziales, Jugend und Alter sind unter einem Dach an der Poststrasse 10 vereint, die Departemente Finanzen, Kultur und Verwaltung sowie Bau, Umwelt und Verkehr sind in der Altstadt an der Marktgasse 58-60 und 57 untergebracht. Die Technischen Betriebe Wil sind an der Speerstrasse 10 zu finden.